2ペンモデルのカッティングプロッタで、ペンとカッター刃を切り替えて動作させたい。

基本的に、ドライバやソフト上でペン番号 (設定条件番号) を指定できれば可能です。

カッティングプロッタ本体側の設定条件番号に1番ペン・2番ペンを割り当てることができます (2ペンモデルのみ)。
また、「特殊機能設定」項目の「設定の優先度」を ”プログラム優先” に設定してください。
詳しくは、対象機種の取扱説明書を参照してください。