GL100_GL240_GL840-APSでCH間演算を行ったデータを開くと波形にはCH間演算結果が表示されるが、ファイルの中にデータとして記録されていません。

そのままではCH間演算結果はデータに反映されません。
「メニュー」から「変換保存」を選択し、“CH間演算出力”をONにして［保存］をクリックすることで、データにCH間演算結果が反映され保存されます。