バックアップ設定で一つのフォルダ内に作成することのできるファイル数に制限はありますか？

基本敵にルートフォルダで無ければ実質的な制限はありません。100個単位で別フォルダを作成します。

<Backup> 　
ファイル名_BAK1.GBD …… ファイル名_BAK100.GBD
<1> 　　　
ファイル名_BAK101.GBD …… ファイル名_BAK200.GBD
<2> 　　　
ファイル名_BAK201.GBD …… ファイル名_BAK300.GBD