外部サンプリングでデータを収録していますが、測定した電圧、温度の振れが大きい(安定しない)です。

電源ラインからのノイズによる可能性が考えられます。電源ラインからのノイズを除去するために内部にデジタルフィルタを搭載しています。
「OTHER」メニューの「システム設定」の「電源周波数」の設定にて、ご使用になる地域の電源周波数に合わせてください。
その他の方法として、オプションのバッテリパックでの駆動もお試しください。
サンプリング間隔の設定が外部の場合は、「AC電源フィルタ」の項目をONに設定してください。