収録したCSVデータをEXCELで開きそのままCSV形式で保存すると、タイムテーブルの秒が全て”00″になります。

EXCEL側仕様のため、EXCELから｢名前を付けて保存｣もしくは｢上書き保存｣を行うと、ご指摘のように保存されてしまいます。
CSVファイルを別の場所に保存される場合はCSVファイルそのものをコピーするか、CSVファイルをメモ帳などのテキストファイルで開き、｢名前を付けて保存｣を行ってください。