収録中のファイルを定期的にバックアップする機能を使用したいのですが、制限はあるのでしょうか？

収録先とバックアップ先を同じ場所に指定する事はできません。
バックアップ間隔をファイル毎に設定した場合には、バックアップ先がFTPで、尚且つ「I/F」メニューの「ネットワーク設定」の「FTPクライアント設定」で「バックアップ成功時収録ファイル」を「削除する」に設定した場合のみ使用可能です。

※以下の設定時にはバックアップ機能を使用出来ません。
　・リング収録がONの場合
　・CSV形式でサンプリング間隔が10ms、20ms、50msの場合（GBD形式は可能￥）
　・メモリループをONの場合
　・外部サンプリングの場合