メモリループ機能はSDカードへのバックアップデータにも有効になりますか。

有効になりません。
メモリループ機能をONにしてもバックアップ先の古いデータは削除されませんので、SDカードは一杯になります。
バックアップ先が一杯になった場合、バックアップは停止します。
但し収録は継続されます。