自作のアプリケーションソフトを作成していますが、測定データの取得が上手く行えません。データの途中までしか受信できなかったり、データの内容が正しくないように見えます。

測定データの受信はバイナリーデータとして行ってください。テキストデータとして受信を行いますと、正しく受信できません。
瞬時値であれば、テキストデータとして受信することが可能です。コマンドの「:MEAS:OUTP:ONEJSON?」や「:MEAS:OUTP:ONECSV?」をご使用ください。