室温補償の設定には「内部」/「外部」がありますが、それぞれどのような場合に使用されるのでしょうか。

測温接点と計測機器の入力端子が熱電対、又は熱電対と補償導線で接続されており、入力端子が基準接点とみなせる場合に室温補償は「内部」になります。
測温接点と計測機器の間に別途端子台等を置き、端子台と計測機器を銅導線等で接続すると基準接点は端子台となりますので、この端子台の温度を確認しなければならなくなります。
このように基準接点がデータロガーから離れるような場合、室温補償を「外部」に設定し、基準接点の温度を別途測定する必要が発生します。