熱電対を複数の計測機器に分岐させて接続しても問題ないでしょうか。

分岐させた場合は動作保証外となります。
熱電対は微弱な電圧を扱っています。例えば、熱電対を一般の中継端子台に繋いだだけでも誤差を生じます。
分岐接続ではなく、1つの端子に熱電対1本のみを接続するようにして下さい。