熱電対で温度測定すると温度がかなり低く表示される。

RJ(基準点補償)]の設定が[外部]になっていませんか。
[操作]メニューから[MENU 設定]－[入力・演算設定]－[入力設定]－[詳細]をタッチして、[RJ(基準点補償)] の設定を確認してください。外部になっている場合は、内部に変更してください。
詳しくは、取扱説明書 61 ページ「9-1 入力設定」をご参照ください。