カットした時に台紙・カッティング用台紙まで切れている。もしくは切り足りない。

以下の項目をご確認ください。

カッタープランジャの刃出し量が合っていない。

刃先長さ調整つまみにより、カッター刃の刃出し量を調整します。
台紙・カッティング用台紙に少し跡が残るぐらいに調整してください。
刃出し量の目安は、下図のように用紙の厚みを t 、刃出し量を l とすると、t ≒ l かつ t ＜ l となります。
用紙と台紙を合わせた厚みより、刃出し量が多くならないように注意して刃先長さ調整つまみを回してください。
メディアの厚みが正確にわからない時は、刃出し量を徐々に多くなるように刃先長さ調整つまみを回してメディアをカットし、台紙に切り跡がつく程度の刃出し量に調整します (通常のマーキングフィルムの場合は、0.1mmぐらいの刃出し量が最適です)。
注意：刃出し量がメディアの厚さに対して多すぎると、カッティングマットを損傷することがありますので、十分に注意してください。

刃出し量は、刃先長さ調整つまみを回して調整します。Aの方向に回すと刃が出ます。Bの方向に回すと刃が引っ込みます。
一目盛り分回転させると、約0.1mm刃が出入りします。一回転させると、約0.5mm刃が出入りします。

カット条件の調整が合っていない。

カッティングプロッタ本体の液晶ディスプレイにカット条件が表示されますので、使用しているカッター刃の種類・カッターオフセット補正量・カット圧・カット速度・加速度が適正か確認してください。
メディアの種類に適したカット圧が設定されていないと、台紙までカットしてしまうことがあります。
設定方法については、対象機種の取扱説明書を参照してください。