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自作のアプリケーションソフトを作成していますが、測定データの取得が上手く行えません。データの途中までしか受信できなかったり、データの内容が正しくないように見えます。

測定データの受信はバイナリーデータとして行ってください。テキストデータとして受信を行いますと、正しく受信できません。
詳細は下記資料をご参照ください。

参考資料