収録後のデータをロガー上で間引くことは可能でしょうか。

ロガー本体には収録済データを間引きする機能はありません。
(CSV形式へのデータ変換時にカーソル間のデータ範囲に限定して保存する事はできます)
ソフトウェアGL-Connectionでは、GBD形式データをCSV形式に変換する際に間引き間隔を設定する事が出来ます。