GL900と比べてGL980/2000の方がノイズが大きいのはなぜでしょうか。共にフィルターOFF、サンプリング間隔50msに設定し収録しています。

GL900とGL980/2000は周波数応答が違います。
GL900の周波数応答はDC～20kHzとなっているので、フィルターOFFでも高周波な成分は減衰されます。
その目安の周波数が20kHzです。
GL980/2000の周波数応答はDC～200kHzとなっています。
よってフィルターOFFでは、GL900より高周波の信号が通りやすい状態です。
ノイズの状態を確認しフィルターを使用して対応して下さい。