スキャナの上カバーが閉まらない場合は?

マグネットで固定する用紙ガイドがスキャナの上カバーの閉じる部分にあたっています。

用紙ガイドを一度外して、上カバーがしっかり閉まるか試してください。
しっかり閉まる場合は用紙ガイドが邪魔していたことが考えられます。